En cas de perforation de l'œsophage provoquant une médiastinite aiguë, les organismes impliqués sont souvent ceux que l'on trouve normalement dans la flore buccale, en particulier les anaérobies.
La médiastinite aiguë secondaire à une intervention chirurgicale implique souvent des organismes résistants aux antibiotiques utilisés dans la prophylaxie périopératoire. Il s'agit notamment du staphylocoque doré et des bacilles à Gram négatif, dont Pseudomonas aeruginosa.
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