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L'atrésie des choanes unilatérale se manifeste généralement tardivement par un écoulement nasal unilatéral et une obstruction nasale.
L'atrésie bilatérale des choanes met la vie en danger ; les nouveau-nés respirent obligatoirement par le nez et ont un besoin très fort de respirer par le nez, même lorsque celui-ci est totalement obstrué. Ils présentent généralement une détresse respiratoire à la naissance. Ils sont souvent cyanosés alors qu'ils ne pleurent pas - les pleurs sont le seul moment où un nouveau-né respire par la bouche.
Cliniquement, le diagnostic peut être posé en cas d'échec de la pose d'une sonde nasogastrique.
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