L'ECMO pose des problèmes liés aux essais cliniques d'efficacité :
- le patient n'est pas en mesure de consentir au traitement ou de le refuser lui-même - la fourniture d'une thérapie standard et reconnue est obligatoire d'un point de vue légal et éthique
- les traitements novateurs/expérimentaux sont limités par des réglementations légales et éthiques
- il a toujours été comparé à des témoins historiques du traitement conventionnel, mais ce dernier s'est amélioré.
Il n'a pas encore été confirmé que les complications suivantes se produisent plus fréquemment :
- insuffisance rénale due à une thrombose aortique
- œdème sévère et saignement des sites chirurgicaux
- hémorragie intraventriculaire et intracrânienne
- séquelles neurologiques, par exemple perte auditive neurosensorielle
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