L'effet indésirable le plus important des acides choliques est la diarrhée secondaire à une réduction de la réabsorption gastro-intestinale de l'eau et des électrolytes. Une tolérance se développe avec le temps et l'acide ursodésoxycholique est le moins susceptible des deux agents de présenter cet effet.
Les deux agents peuvent exacerber l'ulcération gastroduodénale.
L'acide chénodésoxycholique peut altérer la fonction hépatique.
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