L'accumulation de la plaque dentaire associée à la parodontite entraîne une augmentation de la flore bactérienne. On observe un glissement vers des bâtonnets Gram négatif, des anaérobies, des spirochètes et d'autres formes mobiles de bactéries.
Dans les poches parodontales, jusqu'à 300 espèces de bactéries ont été identifiées ; la parodontite agressive a été associée aux organismes spécifiques suivants :
- Actinobacillus actinomycetemcomitans
- Porphyromonas gingivalis
- Bacteriodes forsythus
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