Menschliche Cyclospora sind rund oder eiförmig (7-9 Mikrometer). Die Lichtmikroskopie zeigt morulaähnliche, lichtbrechende Kugeln, die von einer Membran umgebene Knäuel von lichtbrechenden Kügelchen enthalten. Die säurefeste Färbung zeigt variabel-dunkelrote säurefeste Organismen und ungefärbte transparente Kugeln. Bei der Ultraviolett-Epifluoreszenzmikroskopie färben sich die Organismen autofluoreszierend (blau). Dieser Organismus kann mit Cryptosporidium verwechselt werden.
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