Der Ösophagus bildet sich in der vierten Woche des fötalen Lebens, wenn der primitive Phaynx durch zwei seitliche Falten - die tracheo-ösophagealen Falten - in zwei Teile geteilt wird, die in der Mittellinie zur tracheo-ösophagealen Scheidewand verschmelzen. Auf diese Weise bildet das ventrale Rohr die spätere Luftröhre und das dorsale Rohr die ursprüngliche Speiseröhre.
Das Endoderm, das die Speiseröhre auskleidet, vermehrt sich und füllt das Lumen aus. Im späten Embryo wird sie durch den Verlust von Zellen in der Mitte des Lumens rekanalisiert. In diesem Stadium bildet sich das endgültige Ösophagusepithel. Eine übermäßige Rekanalisation kann zu Divertikeln führen.
Die Speiseröhre ist im frühen fötalen Leben relativ kurz, wächst aber später überproportional. Ein unzureichendes Wachstum kann eine Hernie des Magens in die Brusthöhle begünstigen.
Da sich der Magen während der Entwicklung nach links dreht, trägt er auch die Speiseröhre. Folglich liegt der linke Vagusnerv anterior und der rechte Vagus posterior auf der unteren Speiseröhre.
Eine abnorme Positionierung des tracheo-ösophagealen Septums kann zu einer tracheo-ösophagealen Fistel führen.
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