Allopurinol hemmt den Stoffwechsel von Mercaptopurin, was die Wirkung von Azathioprin verstärkt und das Risiko einer Myelosuppression erhöht. Das Risiko einer Myelosuppression ist erhöht, wenn gleichzeitig andere Medikamente eingenommen werden, die eine Suppression des Knochenmarks verursachen können.
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