Die Behandlung des Gorlin-Syndroms sollte idealerweise von einem Facharzt koordiniert werden, da die Mitwirkung vieler Teams erforderlich sein kann, darunter Dermatologen, plastische Chirurgen, Zahnärzte, Kardiologen, Onkologen und orthopädische Chirurgen.
Basalzellkarzinomläsionen können mit einer chirurgischen Entfernung behandelt werden, wenn sie in relativ geringer Zahl auftreten. Bei großen und sich schnell entwickelnden Läsionen können alternative Verfahren wie Laserablation, photodynamische Therapie oder 5-Fluouracil-Creme erforderlich sein. Eine Retinoidtherapie kann als prophylaktische Behandlung zur Verlangsamung der Entwicklung von Hautläsionen von gewissem Nutzen sein.
Odontogene Keratozysten werden entfernt, haben aber eine hohe Tendenz zum Wiederauftreten.
In selteneren Fällen kann ein assoziiertes Medulloblastom durch Resektion, Chemotherapie und Bestrahlung behandelt werden.
Patienten mit Gorlin-Syndrom sollte geraten werden, Sonnen- und Strahlenexposition zu vermeiden, da sie vermutlich eine erhöhte Empfindlichkeit gegenüber potenzieller Mutagenese aufweisen.
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