Der Zugang für eine selektive Magenvagotomie ist eine paramediane Inzision rechts, die bis zum Xiphisternum verlängert wird. Das Omentum minor wird inzidiert, so dass ein Instrument hinter die linke Magenarterie und -vene geführt werden kann. Der Vagusast liegt ebenfalls an dieser Stelle: alle drei werden ligiert und durchtrennt.
Das Bauchfell wird nun bis zur Basis der Speiseröhre geteilt, und sehr vorsichtig werden Gefäße und Nerven entlang dieser Strecke bis auf Höhe des äußeren Magenmuskels ligiert. Die Speiseröhre wird nun nach links verlagert, und die weitere Durchtrennung von Gefäßen und Nerven erfolgt auf der rechten Seite und von hinten. Dabei wird darauf geachtet, dass der hintere Hauptstamm des Vagus, der in den Plexus coeliacus übergeht, nicht durchtrennt wird.
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