Die selektive Vagotomie ist ein operatives Mittel zur Reduzierung der Magensäureproduktion. Dabei werden die zum Magen führenden Vagalfasern durchtrennt, während die zu und von den abdominalen Eingeweiden führenden Fasern erhalten bleiben. Diese Technik ist besonders dann angezeigt, wenn eine Magendrainage eingesetzt werden muss, z. B. bei Pylorusstenose, stenosierenden oder blutenden Zwölffingerdarmgeschwüren.
Im Vergleich zur Stammvagotomie treten weniger Komplikationen wie z. B. schwere Durchfälle auf, die Ulkusrezidivrate ist jedoch höher.
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