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Die Pathogenese der Fourniereschen Gangrän erfolgt in der Regel durch einen lokalisierten kleinen Infektionsherd, der die lokale Entzündungs- und Immunreaktion überwältigt. Folglich werden virulente Organismen am häufigsten isoliert, wenn eine Form der Immunsuppression vorliegt. Typischerweise ist die Infektion polymikrobiell und beinhaltet:
Man nimmt an, dass es eine Synergie zwischen den infizierenden Organismen gibt, z. B. produziert ein Organismus Enzyme zur Thrombose perforierender Hautgefäße, während ein anderer Enzyme zum Abbau der Faszie produziert. Infolgedessen breitet sich eine Fasziennekrose unter der Haut aus, mit anschließendem Hautinfarkt und späterer Muskelnekrose.
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