Mehr als 90 % der infektiösen Durchfälle bei Säuglingen haben eine virale Ätiologie - tatsächlich werden 90 % durch Rotaviren verursacht, ein Virus, das sowohl Infektionen des GIT als auch des URT verursachen kann. Zu den anderen Viren gehören Echo-Viren und Enteroviren.
Eine bakterielle Ätiologie wird durch starke Pyrexie und blutigen Durchfall nahegelegt. Dabei handelt es sich hauptsächlich um enteropathische E. coli, aber auch Shigellen, Salmonellen und Campylobacter sollten in Betracht gezogen werden. Weltweit ist an Cholera zu denken, insbesondere derzeit in Südamerika.
Chronische Infektionen könnten auf Protozoen hinweisen, zum Beispiel Giardia lamblia. Diese verursachen drei oder vier Episoden übel riechenden Durchfalls pro Tag, und die Diagnose wird anhand der im Stuhl gefundenen Zysten gestellt.
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