Ein medikamentöses Eingreifen bei Durchfall wird häufig nicht empfohlen, da eine antibiotische Behandlung an sich zu einer pseudomembranösen Kolitis führen kann.
In Fällen von Giardia lamblia und Amöbenruhr wird Metronidazol verabreicht.
Bei der Behandlung von Durchfall ist der wichtigste Faktor die Aufrechterhaltung der Flüssigkeitszufuhr, also die orale Rehydratationstherapie.
Eine vielleicht wichtige prophylaktische Behandlung von Durchfall ist die Förderung des Stillens - mütterliches IgA, Lactoferrin, Neutrophile und Makrophagen tragen alle zum Schutz vor Durchfall bei.
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