Mögliche Ursachen sind eine hypoxische Schädigung des Dünndarms, die mit einer Nabelkatheterisierung, Apnoeanfällen und Septikämie einhergehen kann. Weitere Faktoren sind Hypovolämie, Flüssigkeitsüberlastung, Austauschtransfusionen, ein offener Ductus arteriosus - und die Behandlung mit Indomethacin - sowie hyperosmolare Ernährung.
Der infektiöse Organismus ist nicht spezifisch, aber Anaerobier im Darm können einen Beitrag leisten.
Ausbrüche scheinen in Abteilungen aufzutreten, in denen mehrere Neugeborene in kurzer Zeit betroffen sind, was für eine infektiöse Ätiologie spricht.
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