Die Speichel- und Tränendrüsen werden mit Lymphozyten infiltriert und die Azini zunehmend zerstört. Die Mehrzahl der Lymphozyten sind T-Zellen mit einer Dominanz von T-Helferzellen (CD4).
Das Epithel der Gänge wird hyperplastisch, bildet Ablagerungen im Lumen und blockiert kleinere Gänge. Eine Schleimdrüsenmetaplasie des Duktusepithels kann bei einigen Patienten zu einem gallertartigen Speichel führen. Strikturen, Ductusdilatationen und aufsteigende Infektionen verkomplizieren das Bild.
Hyperaktivität der B-Zellen - zirkulierende Autoantikörper sind charakteristisch für das Sjogren-Syndrom. Die Antikörper richten sich gegen nicht-organspezifische Antigene wie Immunglobuline (Rheumafaktoren) und kleines zytoplasmatisches Ribonukleoprotein (Anti-Ro und Anti-La). Diese Autoantikörper scheinen keine pathogenetische Bedeutung zu haben.
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