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MAOI inaktivieren die Enzyme, die Noradrenalin, 5-HT, Tyramin und andere Amine oxidieren, die als Transmitter im Körper weit verbreitet sind oder in Nahrungsmitteln und Getränken bzw. als Drogen aufgenommen werden. Diese Medikamente hemmen auch die Hydroxylasen in der Leber, was wiederum zur Hemmung des Stoffwechsels von Substanzen wie Barbituraten, trizyklischen Antidepressiva, Phenytoin, Alkohol und Antiparkinsonmitteln führt.
Die Hemmung der Monoaminoxidase tritt schnell ein, doch kann es bei einem Entzug bis zu zwei Wochen dauern, bis das Enzym wieder seine frühere Aktivität erreicht hat.
MAOIs haben auch mehrere autonome Nebenwirkungen, deren genaue Mechanismen nicht klar sind: z. B. orthostatische Hypotonie, Mundtrockenheit, verschwommenes Sehen, Verstopfung, Knöchelödeme, verzögerte Miktion und Ejakulation.
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