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Aufgrund von Assay-Schwierigkeiten gab es anfangs Bedenken hinsichtlich der Spezifität von kardialem Troponin T bei Patienten mit Nierenversagen und auch Bedenken, dass es eine Kreuzreaktivität mit verletzter Skelettmuskulatur gibt. Diese Probleme treten bei den Assays der zweiten und dritten Generation für kardiales Troponin T nicht mehr auf.
Auch für kardiales Troponin I gibt es mehrere Assays, die standardisiert werden müssen. Assays für Troponin I können auch Probleme aufgrund von Interferenzen durch Fibrin, Heparin, heterophile Antikörper und humane Anti-Maus-Antikörper aufweisen. Letztere können bei Personen, die entweder selbst Antikörper bilden oder eine Therapie mit extrinsischen Antikörpern erhalten, ein Problem darstellen.
Für die meisten klinischen Tests wird das 97,5-Perzentil als Grenzwert für die Normalität verwendet, aber in einem Leitartikel der Zeitschrift Circulation (Sept. 2000) wird vorgeschlagen, dass für kardiales Troponin T, kardiales Troponin I und CK-MB das 99-Perzentil als Obergrenze angesehen werden sollte.
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