Der Truncus brachiocephalicus entsteht während der Entwicklung aus dem distalsten Teil des Truncus arteriosus. Dieser Bereich, der Aortensack, steht in Kontinuität mit der ventralen Aorta und dem aortalen Ausflusstrakt. Während sich der Aortensack ausdehnt, teilt er sich in zwei Gefäße, eines davon ist der Truncus brachiocephalicus. Er befindet sich proximal der rechten dritten Bogenableitung.
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