Es wird angenommen, dass der Thymus eine Rolle bei der Vorbereitung der Lymphozyten - insbesondere der T-Lymphozyten - auf die Immunerkennung im Rahmen der zellvermittelten Immunität spielt. Lymphozyten aus der fötalen Leber und später aus dem Knochenmark wandern in den Thymus, wo sie immunkompetent gemacht werden, d. h. sie werden darauf vorbereitet, auf welche Art von Antigenen sie reagieren sollen. Das lokale Hormon Thymosin, das von den Epithelzellen des Thymus produziert wird, scheint bei dieser Instruktion eine Rolle zu spielen.
Die Lymphozyten wandern ins Blut zu sekundärem Lymphgewebe, z. B. der Milz und den Lymphknoten.
Die Rolle des Thymus wird durch sein Fehlen oder seinen Mangel verdeutlicht - die Betroffenen leiden unter Defekten der zellvermittelten Immunität.
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