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Trotz erheblicher Verbesserungen bei der Behandlung von Hirnabszessen ist die Sterblichkeitsrate bei dieser Erkrankung immer noch hoch - 20-30 %. Am höchsten ist die Sterblichkeitsrate bei bronchogenen Abszessen (70 %) und bei Schädelverletzungen (10-20 %).
Die Prognose hängt in hohem Maße von der Schnelligkeit und Eignung der Behandlung ab: Wird sie vor dem Einsetzen des Komas eingeleitet, sinkt die Sterblichkeit von 50 % auf 10 %.
Langfristig hat der Hirnabszess eine erhebliche Morbidität mit neurologischen Beeinträchtigungen in 50 % der Fälle. Die häufigsten Probleme sind Hemiparese, Dysphasie und Gesichtsfeldausfälle. Krampfanfälle treten bei mindestens 30 % der Überlebenden von Hirnabszessen auf, und es ist sinnvoll, prophylaktisch Antiepileptika, z. B. Phenytoin, zu verabreichen.
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