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Die Ätiologie der Klinodaktylie ist unbekannt. Der übliche Mechanismus der Abweichung beinhaltet eine Anomalie im Wachstum des mittleren Fingerglieds, die die Ausrichtung einer Interphalangealgelenkfläche - in der Regel des distalen Interphalangealgelenks - relativ zur Achse des Fingers kippt.
Eine häufige Ätiologie ist die Bildung einer 'Deltaphalanx' innerhalb des mittleren Fingerglieds. Dies wird auch als längs verlaufende Epiphyse oder längs verlaufende epiphysäre Klammer bezeichnet. Anstelle der normalen transversalen Physis erstreckt sich diese längs ausgerichtete Physis C-förmig um das Fingerglied, wobei der offene Teil zur Elle zeigt. Die Längsbeschränkung auf der nicht offenen Seite führt zu einem ungehinderten Wachstum der gegenüberliegenden Seite. Es entsteht eine keilförmige Mittelphalanx mit einer Abweichung der Gelenkfläche des distalen Interphalangealgelenks.
Gelegentlich ist eine ähnliche Deformität auf ein Faserband auf der Ulnaseite des Fingers zurückzuführen, das als externes Einschnürungsband wirkt.
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