El paciente con una fístula perianal se queja de secreción intermitente en la región perianal, dolor o molestias en la zona perianal e irritación crónica.
En la exploración, el orificio externo de la fisura suele verse lateral al ano. La abertura externa puede verse como una pequeña papila de tejido de granulación. Obsérvese que aunque este cuadro clínico es diagnóstico de una fístula anal, a menudo la lesión cutánea aparentemente trivial puede diagnosticarse como una pústula. El orificio interno de la fístula puede palparse en el tacto rectal.
El examen por proctoscopia puede permitir la visualización directa del orificio interno. Puede ser posible pasar una sonda a lo largo de la fístula para trazar su recorrido.
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