El efecto adverso más importante de los ácidos cólicos es la diarrea secundaria a la reducción de la reabsorción gastrointestinal de agua y electrolitos. La tolerancia se desarrolla con el tiempo y el ácido ursodesoxicólico es el menos propenso de los dos agentes a mostrar este efecto.
Ambos pueden exacerbar la ulceración péptica.
El ácido quenodesoxicólico puede alterar la función hepática.
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