La acumulación de placa dental asociada a la periodontitis provoca un aumento de la flora bacteriana. Se produce un desplazamiento hacia bacilos Gram negativos, anaerobios, espiroquetas y otras formas móviles de bacterias.
En las bolsas periodontales se han identificado hasta 300 especies de bacterias; la periodontitis agresiva se ha asociado a los siguientes organismos específicos:
- Actinobacillus actinomycetemcomitans
- Porphyromonas gingivalis
- Bacteriodes forsythus
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