La causa más común de muerte en pacientes con síndrome de Chediak Higashi se debe a infecciones recurrentes o al desarrollo de una fase acelerada en la que se produce linfoproliferación en órganos principales. El 80% de las muertes se producen en la primera década de vida, y los que sobreviven hasta la edad adulta desarrollan síntomas neurológicos progresivos.
La muerte en la infancia suele deberse a una infección abrumadora.
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