- atresia esofágica - el bebé presenta asfixia en lugar de vómitos
- estenosis pilórica: la bilis está ausente en el vómito; hay un "tumor" pilórico generalmente palpable; la aparición es más tardía (3-4 semanas) que la atresia duodenal (al nacer)
- obstrucción intestinal congénita: hay distensión abdominal; la radiografía de abdomen revela rasgos de obstrucción.
La radiografía simple de abdomen es diagnóstica y muestra distensión del estómago y del duodeno proximal con ausencia de gas en el resto del intestino.
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