La colonoscopia requiere una consistencia fluida de las heces en el momento del examen, lo que se consigue mediante la administración de Picolax 24 horas antes de la colonoscopia. Se administra al paciente un analgésico y un sedante por vía intravenosa, y a continuación se le coloca en decúbito lateral izquierdo con las rodillas recogidas. Tras el tacto rectal, se introduce el colonoscopio.
El colonoscopio se hace avanzar a lo largo de la luz intestinal con precaución; si es necesario para facilitar la visión, se puede utilizar la insuflación intermitente para distender el camino por delante.
Una vez atravesada la incómoda región sigmoidea, el paso es fácil a lo largo del colon descendente hasta la flexura esplénica. El colon transverso tiene forma triangular. El ciego, como era de esperar, aparece como una "terminación ciega" con prominentes pliegues mucosos. Una vez alcanzado este punto, el colonoscopio se retira hasta la zona de interés para poder realizar procedimientos de investigación o terapéuticos.
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