La combinación de daño hepatocelular y derivación portosistémica debida a una estructura hepática alterada -tanto extrahepática como intrahepática- da lugar a este síndrome.
Aún se desconocen los mecanismos subyacentes, pero es posible que el problema esté relacionado con la incapacidad del hígado para eliminar metabolitos tóxicos de la sangre portal. Estos metabolitos tóxicos pueden incluir amoníaco, aminoácidos, ácidos grasos de cadena corta y aminas. Es posible que el aumento de los niveles de GABA sintetizado por la flora intestinal tenga algo que ver, pero aún queda mucho por hacer.
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