La incidencia de la enfermedad de Hirschsprung es de uno por cada 4.500 nacidos vivos, pero es diez veces más frecuente en personas con síndrome de Down. Los varones se ven afectados tres veces más que las mujeres.
La enfermedad se hereda como un rasgo multifactorial, con un riesgo masculino de 1 en 25 para los hermanos y un riesgo femenino de 1 en 8.
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