Entre las posibles causas se encuentran el daño hipóxico del intestino delgado, que puede estar asociado a la cateterización umbilical, los episodios de apnea y la septicemia. Otros factores son la hipovolemia, la sobrecarga de líquidos, las exanguinotransfusiones, el conducto arterioso persistente -y el tratamiento con indometacina- y la alimentación hiperosmolar.
El organismo infeccioso no es específico, pero los anaerobios del intestino pueden contribuir.
Los brotes parecen tener lugar en unidades, donde varios neonatos se ven afectados en un corto espacio de tiempo, lo que apoya una etiología infecciosa.
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