El pronóstico del linfoma del intestino delgado depende del estadio de la enfermedad. Como era de esperar, las lesiones de mayor tamaño con diseminación adyacente y perforación tienen peor pronóstico. La tasa global de supervivencia a 5 años se sitúa en torno al 40%.
Los linfomas de la enfermedad celíaca y de tipo mediterráneo tienen peor pronóstico.
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