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La IgA agregada, los polisacáridos particulados y los lipopolisacáridos de endotoxina pueden eludir la activación clásica de la cascada del complemento activando C3 directamente. Esto da lugar a una activación más rápida de la cascada alternativa por parte de las bacterias Gram negativas que de las Gram positivas.
El C3 se escinde en C3a y C3b. C3b se une a los cofactores B, D e iones de magnesio en la membrana de la célula diana para formar una enzima activa que escinde más C3. La properdina estabiliza este paso.
Al igual que en la vía clásica, C3b también escinde C5 para desencadenar la formación del complejo de ataque de membrana.
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