La enfermedad aguda se diagnostica mediante la detección de los parásitos. Las formas circulantes activas de T.cruzi pueden observarse a menudo en el examen microscópico de sangre anticoagulada o de la capa leucocitaria, o en frotis teñidos. En los pacientes inmunodeprimidos pueden encontrarse parásitos en la médula ósea, el líquido cefalorraquídeo o el líquido pericárdico.
La enfermedad crónica se detecta mediante anticuerpos específicos contra los antígenos del parásito. En el momento de escribir estas líneas, sólo una prueba de anticuerpos ha sido aceptada por la Food and Drug administration (ELISA IgG de Chaga, Gull Laboratories, Salt Lake City). También hay pruebas serológicas por fijación del complemento e inmunofluorescencia indirecta disponibles en los Centros para el Control de Enfermedades.
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