A pesar de la creencia popular de que el pronóstico es sombrío, la mayoría de las personas -especialmente los niños- tratadas tienen un buen pronóstico. El pronóstico mejora con el tratamiento precoz, aunque el tratamiento adecuado de la enfermedad tardía también debería ser bueno. El mal pronóstico anterior se ha basado probablemente en un diagnóstico erróneo de la enfermedad de Lyme en primera instancia.
Un pequeño subgrupo de pacientes con predisposición a la enfermedad artrítica tiende a presentar recurrencia de la artritis.
Se ha descrito un subgrupo muy pequeño de adultos que desarrollan neuroborreliosis tardía.
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