La PCP en un paciente es un indicador de que algo va muy mal en otra parte. Si se produce junto con una infección por VIH, la mortalidad es del 10% y, en términos generales, el pronóstico de ese individuo es de un 50% de supervivencia a los 2 ó 3 años.
El mal pronóstico se anticipa con la administración de antibióticos profilácticos (cotrimoxazol y pentamidina inhalada) a las personas con infección por VIH conocida cuando su recuento de CD4 positivos desciende por debajo de 200.
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