El enfoque basado en la evidencia no es una panacea para todas las decisiones médicas.
Algunas prácticas clínicas se han establecido sin "pruebas", por ejemplo, el uso de diuréticos intravenosos en el edema pulmonar agudo ha evolucionado sin ningún ensayo controlado aleatorio formal. En tales circunstancias, no sería ético solicitar un ensayo en el que se comparara dicha intervención con un placebo. Ignorar intervenciones de éxito evidente por falta de pruebas sería llevar el paradigma de la MBE a extremos ridículos.
También es difícil recopilar "pruebas" de enfermedades poco frecuentes y, a pesar del uso de herramientas como el metaanálisis, puede que no sea posible analizar adecuadamente las "pruebas" relativas a aspectos de enfermedades poco frecuentes.
La medicina basada en la evidencia se fundamenta en datos sobre poblaciones definidas de pacientes. A menudo, los criterios para participar en determinados ensayos son, necesariamente, rígidos. Los ensayos clínicos sólo pueden analizar un escenario concreto de los que pueden existir en la práctica clínica. Sería imposible disponer de ensayos relativos a intervenciones con todas las permutaciones posibles de poblaciones clínicas en las que una intervención pueda ser aplicable. Por lo tanto, se induce a pensar que las conclusiones relativas a las poblaciones de los ensayos también son válidas para otras poblaciones que requieran una intervención similar. Un paciente puede sufrir múltiples patologías y no parecerse a ninguno de los pacientes de determinados estudios en los que se basa la "evidencia". ¿Son válidas las "pruebas" para ese paciente concreto? No hay forma de conocer la respuesta, sólo de inducirla.
Por lo tanto, aunque la "evidencia" es muy importante, hay que reconocer las limitaciones de adoptar un enfoque científico puritano. La medicina es arte y ciencia. Las decisiones deben tener en cuenta las "pruebas" (o la falta de ellas) en el contexto de cada paciente.
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