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Debido a las dificultades del ensayo, en un principio se plantearon dudas sobre la especificidad de la troponina T cardiaca en pacientes con insuficiencia renal, y también sobre la reactividad cruzada con el músculo esquelético lesionado. Estos problemas no ocurren con los ensayos de segunda y tercera generación para la troponina T cardiaca.
También hay múltiples ensayos disponibles para la troponina I cardiaca, que requieren estandarización. Los ensayos para la troponina I también pueden presentar problemas debido a la interferencia de la fibrina, la heparina, los anticuerpos heterófilos y los anticuerpos humanos anti-ratón. Estos últimos pueden ser un problema en las personas que fabrican anticuerpos o reciben tratamiento con anticuerpos extrínsecos.
Para la mayoría de las pruebas clínicas, se utiliza el percentil 97,5 como límite de normalidad, pero un editorial de Circulation (septiembre de 2000) sugirió que para la troponina T cardiaca, la troponina I cardiaca y la CK-MB el percentil 99 debería considerarse el límite superior.
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