Las desventajas de la ecocardiografía transversal son:
- posible interpretación errónea de las estructuras si las imágenes no se corresponden con las secciones anatómicas esperadas.
- se requiere una alineación correcta del haz porque la intensidad de los ecos depende de su orientación con respecto a las estructuras que se estudian.
- frecuencia de imagen relativamente lenta, especialmente cuando la profundidad de campo es grande.
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