Estos incluyen:
- gastos
- falta de respuesta y abandonos, que pueden dar lugar a sesgos
- dificultad para mantener técnicas constantes a lo largo del tiempo
- lenta acumulación de los resultados
- necesidad de probar hipótesis específicas
- normalmente no se pueden probar nuevas hipótesis, pero muchos investigadores suelen tomar, por ejemplo, un exceso de sangre en las muestras que luego se almacena
- no es adecuado para enfermedades raras
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