La investigación sobre la naturaleza de los priones encontrados en diferentes enfermedades muestra que existe una variedad de tipos o "cepas" de proteína priónica. Estas cepas parecen diferir entre sí en la enfermedad priónica animal por sus diferentes tiempos de incubación, patrones de neuropatología y diferente susceptibilidad a la proteólisis y a los subsiguientes patrones de migración en gel de poliacrilamida.
El estudio de la enfermedad priónica humana ha revelado que los priones encontrados en la enfermedad humana pueden caracterizarse en 4 tipos.
Los tipos 1 y 2 se encuentran en la ECJ clásica esporádica y también en algunos casos iatrogénicos.
Los priones de tipo 3 se encuentran en casos iatrogénicos de ECJ, como la terapia hormonal, en la que la infección se adquiere por inyección periférica.
El examen de los casos de la nueva variante de la ECJ reveló un nuevo y distinto cuarto tipo o cepa de proteína priónica, que parece especialmente resistente a las proteasas y cuyo western blot sugiere una glicosilación de la proteína.
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