La ECJ está causada por el depósito intracelular de una forma anormal de la proteína priónica celular normal. Esta forma anormal de proteína priónica, denominada PrPsc, es insoluble y resistente a la proteinasa y puede identificarse mediante inmunocitoquímica en muestras patológicas. La PrPsc difiere de la proteína priónica humana soluble normal, la PrPc, no por su secuencia de aminoácidos, sino por la conformación en la que se forma la proteína. Se ha identificado el gen de la PrP, pero aún se desconoce su función normal. Los ratones transgénicos con PrP-knockout se desarrollan con normalidad.
La precipitación de la PrPsc se propaga en el sistema nervioso central debido a la capacidad de la PrPsc para catalizar la conversión de la PrPc endógena en PrPsc.
La teoría de la proteína única, o prión, puede explicar las tres historias naturales observadas de las encefalopatías espongiformes:
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