Las complicaciones del tratamiento quirúrgico de la clinodactilia son más frecuentes cuanto mayor es la gravedad de la deformidad inicial. Cualquier procedimiento óseo puede asociarse a adherencias a los tendones circundantes. Los procedimientos que acortan el dedo de forma sustancial pueden producir un retraso extensor, ya que el aparato extensor extrínseco no puede asumir la holgura de la distancia reducida hasta su inserción. El daño de la porción horizontal de la epífisis en un procedimiento de epifisolisis puede provocar la detención del crecimiento o una mayor desviación anormal con el tiempo. Las osteotomías en cuña son difíciles de realizar y un dedo puede no estar perfectamente alineado a lo largo de su eje longitudinal después de la operación.
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