El síndrome de Kearns-Sayer está causado por una mutación somática de inserción o deleción en el genoma mitocondrial.
La gravedad del síndrome es muy variable, dependiendo de la proporción de mitocondrias que contengan ADN mutado. Invariablemente, la enfermedad se agrava con la edad.
El KSS puede considerarse una forma grave de oftalmoplejía externa crónica.
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