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Le médiastin peut être divisé arbitrairement en un certain nombre de compartiments pour les besoins de la description des structures qui s'y trouvent. Une méthode traditionnelle consiste à désigner les compartiments en fonction d'un plan situé entre le bord inférieur de la quatrième vertèbre thoracique et le manubrium du sternum. Dans le médiastin, la région située au-dessus de ce plan et au-dessous de l'ouverture thoracique supérieure est le médiastin supérieur ; la région située au-dessous de ce plan est le médiastin inférieur.
Le médiastin inférieur peut être subdivisé en fonction de la position du cœur :
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