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Au microscope optique, la jonction dermo-épidermique se caractérise par une interface irrégulière. Des papilles dermiques de tissu conjonctif fin et des crêtes dermiques de tissu conjonctif plus grossier font saillie vers le haut à partir du derme. La disposition régulière de ces dernières détermine l'"empreinte digitale" d'un individu. Aux endroits soumis à des contraintes mécaniques ou à des forces de cisaillement, des crêtes épidermiques équivalentes se projettent vers le bas.
Le microscope électronique révèle que les kératinocytes de la couche basale reposent sur une membrane basale hautement structurée. Cette membrane se compose d'une lamina lucida superficielle et d'une lamina densa de collagène de type IV. Diverses fibres de tissu conjonctif traversent la ligne de partage jusqu'au derme papillaire. Les anticorps dirigés contre un élément de la lamina lucida qui relie les kératinocytes basaux et le collagène de la lamina densa précipitent la pemphigoïde bulleuse.
La jonction dermo-épidermique est la zone la plus clairement impliquée dans la production de prurit.
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