On pense que cela est dû à un défaut de production ou de sécrétion de l'hormone de libération des gonadotrophines dans l'hypothalamus.
Les gonadotrophines sont affectées seules ou en combinaison avec la GH ou d'autres hormones hypophysaires.
Une forme d'hypogonadisme hypogonadotrophique peut se résoudre spontanément ou après une cure de 12 mois d'hCG (hormone chorionique gonadotrophique humaine).
L'association d'un déficit en gonadotrophine et d'une anosmie est appelée syndrome de Kallman.
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