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La voie d'abord pour une vagotomie gastrique sélective est une incision paramédiane droite étendue au xiphisternum. Le petit épiploon est incisé de manière à pouvoir passer un instrument derrière l'artère et la veine gastriques gauches. La branche vagale se trouve également à cet endroit : toutes trois sont ligaturées et divisées.
Le péritoine est ensuite divisé jusqu'à la base de l'œsophage et, avec beaucoup de précautions, les vaisseaux et les nerfs situés le long de cette voie sont ligaturés jusqu'au niveau du muscle gastrique externe. L'œsophage est alors déplacé vers la gauche et une nouvelle dissection des vaisseaux et des nerfs est effectuée sur son côté droit et en arrière. Il faut veiller à ne pas diviser le tronc principal postérieur du nerf vague qui passe dans le plexus cœliaque.
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