La vagotomie sélective est un moyen opératoire de réduire la production d'acide gastrique. Les fibres vagales qui se dirigent vers l'estomac sont divisées, tandis que les fibres qui se dirigent vers les viscères abdominaux ou qui en proviennent sont préservées. Cette technique est particulièrement indiquée lorsque le drainage gastrique doit être utilisé, par exemple en cas de sténose du pylore, d'ulcères duodénaux sténosants ou hémorragiques.
L'incidence des complications telles que la diarrhée sévère est plus faible que celle de la vagotomie tronculaire, mais le taux de récurrence des ulcères est plus élevé.
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