- atrésie de l'œsophage - le bébé présente un étouffement plutôt que des vomissements
- sténose du pylore : la bile est absente des vomissements ; une "tumeur" du pylore est généralement palpable ; l'apparition est plus tardive (3-4 semaines) que celle de l'atrésie duodénale (à la naissance).
- obstruction intestinale congénitale : distension abdominale ; la radiographie abdominale révèle des signes d'obstruction.
La radiographie de l'abdomen est diagnostique et montre une distension de l'estomac et du duodénum proximal avec absence de gaz dans le reste de l'intestin.
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